Η γέννηση της Αφροδίτης στα Κύθηρα, σύμφωνα με τη μυθολογία, υπήρξε το γεγονός εκείνο που καθόρισε και τη μετέπειτα πορεία του νησιού. Σύμφωνα με τη Θεογονία του Ησίοδου η Αφροδίτη γεννήθηκε στους αφρούς της θάλασσας των Κυθήρων, όταν έπεσαν σε αυτήν τα αποκομμένα από τον Κρόνο γεννητικά όργανα του πατέρα του Ουρανού. Τα κύματα παρέσυραν, σύμφωνα με αυτήν την εκδοχή του μύθου, στη συνεχεία τη θεά, η οποία έφθασε στην Πάφο της Κύπρου, όπου επίσης λατρεύτηκε ως θεά – προστάτης του νησιού. 

Από τα Κύθηρα φέρεται να έχει και την προσωνυμία Κυθέρεια η Αφροδίτη, η οποία λατρεύτηκε στην αρχαιότητα ως Ουρανία, θεά – προστάτιδα της αγάπης και του αγνού ερωτά, με κύριο τόπο λατρείας τα Κύθηρα. Η ίδρυση από τα πολύ πρώιμα χρόνια ναού της θεάς στα Κύθηρα έδωσε και στο νησί τον ομηρικό χαρακτηρισμό “Ζάθεα” δηλαδή Πανάγια. 

Στην περιοχή της σημερινής Παλαιόπολης  ήταν χτισμένα τα “Άνω Κύθηρα” του Θουκυδίδη, η αρχαία πρωτεύουσα των Κυθήρων, σε απόσταση περίπου 2 μιλίων από τα παραθαλάσσια Κύθηρα, τη Σκάνδεια, το αρχαίο επίνειο. Οι περιηγητές του 19ου αι.  γράφουν ότι σ’ ένα μεγάλο βράχο στην περιοχή ήταν λαξεμένα 20 λουτρά με αγωγούς και αυλάκια που τα ονόμαζαν λουτρά της Αφροδίτης. 

Στο λόφο ψηλά πάνω από τη θάλασσα στην περιοχή Παλαιόκαστρο ήταν ο θρόνος της Αφροδίτης. Σήμερα στο ίδιο σημείο είναι χτισμένη η εκκλησία των Αγίων Αναργύρων Κοσμά και Δαμιανού σε ρυθμό βασιλικής δισυπόστατης. Ανήκει στον 7ο αιώνα μ.Χ. αλλά από το νάρθηκα αντικρύζει κανείς κολόνες και δωρικά κιονόκρανα προερχόμενα από τον αρχαίο ναό της Αφροδίτης.